Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Liste des enseignements
Facultatif
S3 Biologie cellulaire 3-Flux d'information (BC-103)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cet enseignement est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation)
Programme :
Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes:
Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.
Thème 2: Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole.
Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des protéines.
Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire.
Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique.
Thème 6: Transport vésiculaire.
Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche.
Extraction d’ADN génomique (Tenebrio)
Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire)
S3 Microbiologie générale (MIC-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cet enseignement est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation)
Programme :
Cours magistraux
Historique et domaine de la microbiologie.
La croissance bactérienne.
La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons.
Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques.
Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae).
TD : La croissance bactérienne.
TP : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram).
S3 Bases fondamentales de l'immunologie (IMM-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
SVg (Sciences du Végétal)
BEE ((Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Programme :
Cours magistraux :
Organes et cellules du système immunitaire inné et adaptatif
Immunité innée : mécanismes de reconnaissance et d’action
Reconnaissance des antigènes dans le système adaptatif (Immunoglobulines et récepteurs T) : diversité et spécificité
Complexe majeur d’histocompatibilité
Activation des lymphocytes T et B
Fonctions des cellules effectrices : le système immunitaire en action
TD et TP
Produire et utiliser des anticorps polyclonaux et monoclonaux
Présentation des différentes techniques de détection de l’interaction anticorps/antigène
Mettre en place un test d’immunoprécipitation en gel et un test immuno-enzymatique
Rechercher des parentés antigéniques par les tests d’Ouchterlony et ELISA
S3 Biologie du développement 1, Embryogenèse (DEV-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
La biologie du développement est l’étude des mécanismes qui permettent la genèse d’un être vivant pluricellulaire à partir d’une cellule œuf unicellulaire. Un aspect fondamental de ces mécanismes est le contrôle spatio-temporel de l’expression des gènes qui conduit à la mise en place d’identités cellulaires. Un autre aspect important est la différenciation cellulaire qui nécessite une coopération et une coordination cellulaires. L’ensemble de ces points est abordé dans cette UE aussi bien en biologie du développement animale (modèles Amphibien et Oiseau) qu’en biologie du développement végétal (développement du zygote chez les algues et les Angiospermes).
Programme :
Cours magistraux
Principe et concepts en Biologie du développement : historique, lignage détermination, spécification, Induction, Patron de formation, morphogènes. Biologie du développement d’organismes modèles Amphibien et Oiseaux : segmentation, gastrulation (mise en place des feuillets embryonnaires) et neurulation (mise en place du système nerveux)
Biologie du développement embryonnaire d’organismes modèles végétaux : segmentation, mise en place et contrôle de la polarité cellulaire, mécanismes de régulation de l’orientation des divisions et mise en place précoce des méristèmes.
Travaux dirigés
Les TD porteront sur la compréhension de la mise en place des tissus embryonnaires chez des modèles expérimentaux classiquement utilisés en biologie du développement animal et végétal
Travaux pratiques
Etude du développement de l’Oiseau, modèle en biologie du développement des vertébrés, gastrulation, neurulation
Etude du développement des graines de différents modèles végétaux, comparaison Monocotylédones et Dicotylédones, embryogenèse, mise en réserves.
S3 Essentiels de Génétique 1 (GEN-101)
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
UFR Sciences Vie Terre Environnement
Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en
BCP (Biologie cellulaire et physiologie)
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B)
Cet enseignement est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation)
Programme :
Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.
Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.
Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :
Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :
concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).
Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :
s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines.
Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :
concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées.
Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES :
Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien.
Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE
est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.
Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)
Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique.
Applications (TD-TP)
Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes.
TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster).
TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA).