S3 CYPI UE OBLIGATOIRES

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en :
BBM (Biochimie et biologie moléculaire ) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les étudiants de CYPI des 2 groupes (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

La biochimie métabolique aborde les grands cycles métaboliques nécessaires au fonctionnement du vivant. Dans ce module d’initiation, les principales voies métaboliques de dégradation des molécules pour en tirer de l’énergie (catabolisme) sont décrites. Des liens sont effectués avec la biologie cellulaire, la physiologie, l’activité physique et sportive et les pathologies liées au dysfonctionnement du métabolisme. 

Des notions d’enzymologies sont également apportées en soutien des explications de régulation métabolique. 

Programme :

Cours magistraux

Les voies métaboliques décrites sont : 

-la régulation enzymatique des voies principales, cinétiques michaeliennes et allostériques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, en vue de la compréhension des cycles métaboliques

-Introduction générale sur les réserves et les besoins métaboliques, relations avec les activités sportives, réserves mobilisées, type de métabolisme mis en place

- le métabolisme des sucres (glycolyse, glycogénogenèse et glycogénolyse)

- le métabolisme des protéines et des acides aminés, leur biosynthèse et leur catabolisme (transamination, désamination oxydative, décarboxylation)

- le métabolisme des lipides (catabolisme avec les différentes bêta-oxydations)

- le devenir de l’acétyl-CoA et la production d’énergie (fonction catabolique du cycle de Krebs, chaine respiratoire mitochondriale, phosphorylation oxydative)

- l’étude de l’interrelation entre les différentes voies métaboliques

Travaux dirigés : Exercices d’approfondissement des CM avec exemples pratiques, suivis de métabolites dans les voies métaboliques étudiées. 

Travaux pratiques : Activité enzymatique de la lactate déshydrogénase, une enzyme du métabolisme anaérobie (fermentation lactique), en présence ou non d’inhibiteur. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Ce module s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides sur le flux d'information cellulaire (gènes / transcription / ARN / traduction / protéines / adressage des protéines aux différents compartiments cellulaires), sans entrer dans les détails mécanistiques. En essence, il s'agit d'une formation élémentaire en Biologie Cellulaire et Moléculaire adaptée à des étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (par exemple biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVTs, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner nécessairement à être spécialistes du domaine. Le programme comprend 6 thèmes: 

 Thème 1: Rappels sur les macromolécules (acides nucléiques, protéines), notions de génome et de protéome, chromatine.  

Thème 2:  Transcription, notion de gène, types d'ARN, nucléole. 

Thème 3: Traduction, ribosome, repliement des  protéines. 

Thème 4: Compartimentation cellulaire, signaux d'adressage des protéines, adressage nucléaire. 

 Thème 5: Adressage aux mitochondries, plastes, et au reticulum endoplasmique. 

 Thème 6: Transport vésiculaire. 

Chaque Thème de CM est adossé à un TD, qui est l'occasion de consolider les notions abordées en CM, et de les mobiliser dans le cadre d'exercices basés sur des exemples tirés de la recherche. 

 Extraction d’ADN génomique (Tenebrio) 

 Mise en évidence de l’adressage nucléaire (Drosophiles transgéniques avec rapporteur nucléaire) 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Cours magistraux

Historique et domaine de la microbiologie. 

La croissance bactérienne. 

La cellule bactérienne : les composants externes à la paroi cellulaire (capsule, couche mucoïde, fimbriae, pili, flagelles et mobilité) ; structure et fonctions de la paroi et de périplasme (Gram + et Gram-) ; composition et fonctions de la membrane cytoplasmique ; le cytoplasme ; la sporulation ; la microscopie et la préparation des échantillons. 

Nutrition bactérienne : classification des bactéries selon leurs besoins en énergie et en carbone ; besoins nutritionnels spécifiques des bactéries ; cycles biogéochimiques. 

Les grandes familles bactériennes : les bactéries à Gram – (Spirocheteae, Pseudomonadaceae, Rhizobiaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Pasteurellaceae, Rickettsiaceae, Chlamydiacea) et les bactéries à Gram + (Bacillaceae, Staphylococcaceae, Listeriaceae). 

 TD : La croissance bactérienne. 

 TP  : Croissance bactérienne / dénombrement / isolement / observations microscopiques (coloration de Gram). 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Ce module concerne la branche de la biologie qui étudie l’hérédité. Les notions de base qui y sont traitées, interviennent dans tous les domaines de la biologie. Il s'agit pour l’essentiel de rappels de concepts déjà abordés au cours de la scolarité qui sont présentés dans l'optique de leurs apports pour la génétique.  

   Il s'adresse aux étudiants qui souhaitent acquérir des bases élémentaires mais solides de Génétique. Il s'agit d'une formation adaptée aux étudiants qui ont besoin de maîtriser ces concepts dans le cadre de leur projet de formation (biologie évolutive, biologie des populations, enseignement des SVT, physiologie animale ou végétale, biotechnologies ...) sans se destiner à être spécialistes dans ce domaine.  

Le programme comprend 6 thèmes (6x1,5h = 9h) :  

Thème 1 : ELEMENTS de GENETIQUE FORMELLE :  

concerne les bases moléculaires de l’hérédité dans lequel la structure et l’expression des gènes sont abordées (transcription traduction). Conséquences des mutations sur le phénotype. L’Origine de la variabilité par brassage est rappelée (méiose).  

 Thème 2 : MUTATIONS GENIQUE et CHROMOSOMIQUE :  

s’intéresse aux mutations, leur origine, leur nature ainsi qu’à leurs effets phénotypiques. Changement du nombre ou de la structure des chromosomes sont aussi abordés, ainsi que les principales conséquences des mutations chromosomiques humaines. 

 Thème 3 : TRANSMISSION d’un GENE INDIVIDUEL :  

concerne les modes de transmission des gènes. Les buts et méthodes de l'analyse génétique sont présentés. Hérédité humaine et transmission de maladies génétiques sont abordées. 

 Thème 4 : L’ASSORTIMENT INDEPENDANT des GENES : 

Approche expérimentale. Loi de Mendel. Origine chromosomique et développement post-Mendélien. 

Thème 5 : LIAISON et CARTOGRAPHIE 

est consacré à la cartographie des génomes basée sur la recombinaison. Approche expérimentale. Diagnostic de la liaison génétique. Comparaison des cartes génétiques et physiques est proposée.  

Thème 6 : GENETIQUE EVOLUTIVE (PHYLOGENIE)  

Utilisation de l’information de séquences d’ADN pour identifier la diversité génétique et la divergence moléculaire à l’intérieur et entre les espèces. Notions de DNA-barcoding et de diversité cryptique. 

 Applications (TD-TP) 

  Chaque Thème de CM est adossé à un TD (6x2h), organisé sous forme de séances d’exercices. C’est l’occasion de consolider et approfondir les notions abordées en CM, mais aussi de savoir les mobiliser dans le cadre de situations concrètes. 

 TP1 (2h) : Dénombrement de population F2 issues de croisement de drosophiles. Illustration de l’hérédité liée au sexe (mutant white de Drosophila melanogaster). 

 TP2 (2h) : Identification de la diversité cryptique chez les éléphants et assignement par DNA-barcoding d’une corne saisie en douane à son espèce source (informatique). Exploitation de bases de données (Genbank) et de logiciel d’analyse (MEGA). 

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Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Cours magistraux : 4 cours de 2h 

Rappels de statique des fluides 

Fluide, Pression, loi de l’hydrostatique, poussée d’Archimède, tension superficielle 

 Ecoulement des fluides parfaits 

Notion d’écoulement stationnaire, débit volumique et massique, conservation du débit, énergie volumique, loi de Bernoulli, effet Venturi, effet Magnus 

 Ce cours est suivi également par les étudiants de CYPI

Ecoulement des fluides réels 

Viscosité d’un fluide (mesure et unités usuelles), Loi de Stokes, Pertes de charges distribuées et localisées, pompes, niveau piézométrique, écoulement laminaire et turbulent, nombre de Reynolds, loi de Poiseuille, porosité, perméabilité, loi de Darcy, analogie hydrodynamique/électrique, résistance hydraulique et leur association. 

 Conduction thermique 

Flux thermique, Loi de Fourier, loi de Newton, Conductivité thermique, coefficient de diffusivité thermique, bilan d’énergie en régime stationnaire. Convection. 

Travaux pratiques :3 séances de 3h 

Mesure de viscosité : Utilisation de différents appareils pour explorer des gammes différentes de viscosité, ajustements mathématiques, évolution temporelle de la température d’un liquide. 

Ecoulement de fluides : Effet venturi, mesure de débit et mesure de pertes de charge 

Mesure de perte de charge et de tension superficielle

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Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Ce module a pour objectif de savoir prédire la nature des phases en équilibre d’un système ainsi que leur composition et proportion.  Cet enseignement a également pour objectif d’apporter quelques connaissances de base de chimie du solide (relation entre type de liaison et structure). 

Cours magistral (11h) 4 x2h + 2 x1h30 

 Diagramme de phases : 

- Règle des phases 

- Diagramme d’état du corps pur 

- Diagrammes binaires :  

équilibres liquide/vapeur dans le cas de 2 liquides totalement miscibles (loi de Raoult), partiellement miscibles (azéotrope) et non miscibles (hétéroazeotrope). Application à la distillation. 

 Cristallographie : 

- Définitions (maille, plan, système cristallin, motif…) 

- Description des cristaux métalliques, covalents, moléculaires et ioniques 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Le semestre alterne des séances de type « cours » et des séances de TD (correction d’exercices »). Deux TP permettent de découvrir les principales techniques en chimie organique nécessaires au concours. 

Travaux dirigés (17h) 8 x 2h + 1h 

 Réactivité des aldéhydes et cétones, Acides carboxyliques et dérivés, Analyse par spectroscopie infrarouge) 

Travaux pratiques (8h) 2x 4h 

 Extraction liquide-liquide ; montage à reflux; rendement de synthèse; chromatographie sur couche mince. 

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Ce module participe pour l'élaboration d'une spécialité en 

BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B) 
Ce module est également suivi par les étudiants de CYPI

La biostatistique consiste à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre d’une démarche scientifique, qu'il s'agisse du domaine de la biologie ou plus largement des sciences de la nature et de la vie (santé, environnement…). Elle est au cœur de toutes les sciences, car la science a besoin de rassembler des preuves et de les évaluer pour porter un jugement objectif.  

Dans le domaine des sciences de la nature et de la vie, on analyse des échantillons afin de faire des inférences sur la population. Nous verrons ainsi dans cette UE quels peuvent être les outils pour collecter des données, les résumer, les analyser et les interpréter. Nous verrons comment les échantillons prélevés fournissent de bonnes estimations concernant la population dans son ensemble, à condition qu'ils soient représentatifs de la population concernée. Nous apprendrons également à appliquer (sur table et logiciel) quelques tests statistiques fondamentaux permettant de comprendre les notions de tests paramétriques ou non paramétrique et d’échantillons indépendants ou non indépendants. 

Programme :

Introduction à la démarche méthodologique et place de l'outil statistique 

Initiation aux approches expérimentales et plan d'expérience 

Initiation aux approches descriptive et plan d'échantillonnage 

Rappels sur les statistiques descriptives 

Principe d'un test d'hypothèses (H0/H1) 

Application de quelques tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques) : test du Khi2, test t de Student, test U de Mann-Whitney, test t pour échantillons appariés, test de corrélation de Pearson 

Travaux dirigés et travaux pratiques 

TD : exercices de construction et d'analyse critique de plan expérimentaux, exercices de choix de tests en fonction de l'objectif et de la stratégie de collecte des données 

TP : prise en main du logiciel R : saisie et manipulation de données, application de quelques tests d'hypothèses 

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BBM (Biochimie et biologie moléculaire )
BCP (Biologie cellulaire et physiologie) 
BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution)
SVg (Sciences du Végétal)
SVT ME (Métiers de l'Enseignement en SVT)
G (Géosciences)
E (Environnement)
PCB (Préparation au concours B) 

Cet enseignement  est suivi par les 2 groupes étudiants de CyPI (groupe Agronomie et groupe Alimentation) 

Programme :

Travaux dirigés (12h) 

 Entraînement à la compréhension de documents audios qui traitent d'un sujet en rapport avec les Sciences de la Vie et de la Terre. Poursuite de l'acquisition du lexique de base nécessaire pour traiter de sujets scientifiques. Révision de vocabulaire et outils grammaticaux par blocs notionnels-fonctionnels : (11) Cause et conséquence, (12) Probabilité et certitude, (13) Le moyen et la manière, (14) Le but, (15) Similarité et contraste. Entraînements réguliers via des exercices écrits et oraux. 

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Les modules Réussite Etudiante  (un par semestre) visent à accompagner l’étudiant.e dans ses choix d’enseignements en lien avec son projet universitaire et/ou professionnel.  Ces modules fournissent également des outils pour améliorer la réussite des étudiant.e.s et leur insertion professionnelle.

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