SPECIALISATION

Dans leur environnement, les plantes, cultivées ou non, sont en permanence en interaction avec de nombreux microorganismes qui ont un effet bénéfique ou délétère sur leur santé et donc sur la production végétale. Le but de ce module est de donner aux étudiants une connaissance globale des différents types de relations plantes-microorganismes (gradient du parasitisme au mutualisme) ainsi que des mécanismes cellulaires et moléculaires sous-jacents

Cet enseignement est mutualisé  entre le M1 B2IPME et M1 MB

Programme

Cours magistraux (24h) 

-Concepts généraux relatifs à la phytopathologie et à la résistance (immunité) des plantes. 

-Signalisation dans les différents types d’interaction plantes microorganismes. 

-Fonctionnement de l’interface biotrophe. 

-Résistance systémique acquise. 

-NO, ROS et composants anti-microbiens. 

-Immunité déclenchée par les effecteurs ; immunité déclenchée par les PAMPs. 

-Des fossiles aux génomes : évolution et devenir des IPM (gradient mutualisme-pathogène). 

Travaux dirigés (5h) 

Discussions autour de la mise au point de protocoles innovants et pertinents. Analyses des résultats de TP. 

Entrainement à la présentation orale. 

Travaux pratiques (21h) 

Analyses cellulaires et moléculaires d‘interactions multitrophiques. Confrontation d’une plante de façon isolée ou simultanée à une/des interaction(s) pathogène(s) ou mutualiste(s). 

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Cours mutualisé avec les  parcours M1 AMAQ, M1 PFAA, M1 A3DD et M1 MB

Cette unité d’enseignement porte sur des domaines d’activités en Agro-Alimentaire : procédés de transformation et de production des aliments, physicochimie des aliments, et toxicologie alimentaire). 

Programme :

Procédés (10h CM et 6h TD) : 

-Introduction aux procédés alimentaires, Opérations unitaires, diagrammes de fabrication 

-Lois de transferts (matière, chaleur) et réacteurs 

-Conservation des aliments et des microorganismes (froid et déshydratation) 

-Technologies innovantes de décontamination microbienne (Hautes pressions, Champs électriques, UV…) 

Physico-chimie (10h CM, 8h TD et 1h TP) : 

-Introduction à l’aliment complexe. 

-Structure et fonctionnalité des principaux constituants d’un aliment (polysaccharides, protéines, lipides). 

-Etat physique et activité d’eau : (détermination, prédiction et évolution). 

-Texture des aliments (fluides, gels, pâtes). 

-Réaction de Maillard : 

-Analyse et interprétation des résultats expérimentaux  

-Visite d’une plateforme - outils de caractérisation de différents aliments (calorimétrie, rhéologie, spectroscopie, diffusion de lumière, RMN, …) 

Cours mutualisé avec les parcours M1 MB, M1 AMAQ, M1 PFA, M1 A3DD

Toxicologie (10h CM et 6h TD) : 

-Les différents dangers en matière d’alimentation en Industries agroalimentaires (substances non intentionnelles, contaminants de l’environnement : dioxines, métaux lourds, mycotoxines, migrants d’emballage…). 

-Les valeurs toxicologiques de références : critères de sécurité chez l’Homme– réglementation. 

-Les matériaux au contact des denrées alimentaires. 

-Identification d’un effet toxique - génotoxicité. 

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Cours mutualisé avec les parcours M1 AMAQ, M1 MB et M1 PFAA

L’adaptation des microorganismes à leur environnement est une des clés de leur survie. L’objectif de cet enseignement est de présenter les mécanismes d’adaptation permettant aux bactéries de survivre dans des contextes parfois drastiques. Les connaissances sont appliquées à l’utilisation de bactéries bénéfiques ou pathogènes dans les conditions délétères rencontrées dans l’industrie alimentaire. Dans le contexte de la sécurité sanitaire de aliments, l’accent est mis sur la connaissance des bactéries pathogènes retrouvées dans les aliments ainsi que sur les mécanismes de pathogénicité mis en jeu. 

Programme

Cours magistraux (24h) 

-La réponse aux stress des microorganismes 

-Les bactéries lactiques 

-Les biofilms bactériens 

-Les bactéries pathogènes alimentaires 

Travaux dirigés (8h) 

-Analyse de documents relatifs aux sujets traités en CM. 

-Entrainement à la rédaction et à la présentation orale. 

 Travaux pratiques (18h) 

-Etude de la destruction thermique d’une souche modèle. 

-Etude de populations au sein de biofilms mono ou multi-espèces et de leur résistance à des stress chimiques. 

-Identification d’espèces bactériennes contaminant les aliments par des méthodes de microbiologie classique et de biologie moléculaire. 

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